Comenzó su carrera en Vélez Sársfield en 2001 y pronto fue catalogado como uno de los jóvenes más prometedores del plantel profesional. Sin embargo, nunca pudo explotar bajo las órdenes del entrenador Carlos Ischia que solía utilizar a Patricio Pérez o a Pablo Batalla en su posición. Sin embargo, con la llegada de Miguel Ángel Russo en 2005 Gracián comenzó a jugar de titular y pronto se convirtió en jugador clave para el equipo que ganó el Torneo Clausura de 2005 y que tuvo buenas participaciones en la Copa Sudamericana 2005 y la Copa Libertadores 2006.
En 2006, luego de un altercado con su compañero Lucas Castromán, el mediocampista fue vendido al Monterrey de México. Luego de medio año allí surgió la posibilidad de ser transferido a Boca Juniors por pedido del nuevo entrenador del club, Miguel Ángel Russo. Aunque su club decidió no venderlo, la insistencia del jugador generó el descontento de los hinchas del Monterrey. Finalmente, fue separado del plantel para entrenar con jugadores de una filial del club. Sin lugar, logró lo que anhelaba desde hacía seis meses: jugar en Boca Juniors.
En 2008 tuvo la opurtunidad de vincularse al Barcelona Sporting Club pero su empresario no lo quiso vender pues diciendo qu su futuro esta en Europa pero no fue asi y se tuvo que sentarse a la banca de Boca Juniors y no aprovecho la opurtunidad de brillar en el club ecuatoriano que estaba dispuesto a pagar 5 millones de dólares por el y un sueldo de 45000 dólares
En Argentina, Leandro Gracián, es reconocido, por su famosa Verruga. Gracián, posee una verruga de color marrón oscuro en su cuello. La cual le permite tener una visión amplia del futbol.