Zanetti debutó en Talleres de Remedios de Escalada (tercera división argentina), en 1992.
En 1993 fue transferido a Banfield. Su primer gol lo marcó frente Newell's Old Boys.
A "Pupi" Zanetti, reconocido hincha de Independiente, le dicen “Tractor” debido a su gran potencia física y resistencia. Es un jugador potente y con gran capacidad técnica, por lo que es capaz de sumarse al ataque con bastante rapidez. Zanetti se hizo fama en el fútbol debido a su habilidad como lateral, llegando al área para crear peligro y volviendo rápidamente a defender.
Llegó al Inter en 1995. Actualmente es uno de los jugadores más queridos de este club, es el actual capitán y líder moral del equipo. Lleva más de 13 años jugando con sus colores, y desde su llegada en 1995, el Inter ha ganado 7 títulos: La Copa UEFA en 1998, donde anotó un gol desde afuera del área, la Copa de Italia de 2005 y 2006, la Supercopa de Italia de 2005 y 2006 y los Scudettos correspondientes a las campañas 2005/2006 , 2006/2007 y 2007/2008. Javier Zanetti se ha mantenido fiel al Inter rechazando ofertas de otros clubes. Por esta razón, los hinchas interistas lo consideran más que el capitán del equipo, lo ven como un "Héroe", un "General" que dirige a su equipo a la victoria. Los Tifosi del Inter han llegado incluso a considerarlo un personaje casi sobrenatural parecido a un Héroe de la mitología antigua.

Ídolo y ejemplo [editar]
Junto a su mujer, Paula, crearon la "Fundación P.U.P.I." (Por Un Piberío Integrado) para la recuperación social de los niños pobres y carenciados en Argentina. Por este motivo, por su carisma y buen comportamiento deportivo, recibió el Ambrogino de Oro, premio más importante otorgado cada año en la ciudad de Milán, donde es ídolo y capitán del Inter de Milán.
Es el preferido entre los hinchas interistas por su amor a la camiseta desde que llegó al club. Antes de cada partido un caluroso aplauso es dedicado a Javier por los hinchas que lo llama "Il Capitano" o "Trattore" (Tractor). Los "Tifosi" del Inter también le dedicaron dos canciones que se escuchan en el estadio, cada vez que Javier está presente. Una de ellas, lo compara con Pelé: "tra i nerazzurri c'è, un giocatore che, dribbla come Pelè, vai Zanetti alè eh oh!!", la otra lo aclama como el gran capitán de la armada Neroazzurra.

Selección juvenil [editar]

Selección nacional [editar]
Reconocido internacional argentino, posee la máxima cantidad de partidos jugados para su selección (131) (superando a Fabián Ayala) , convirtiendo 5 goles. Fue convocado por Daniel Alberto Passarella y por Marcelo Bielsa a los mundiales de 1998 y 2002, pero José Néstor Pekerman lo dejó afuera del mundial de 2006 en una decisión que generó una gran polémica en su país, ya que no había un reemplazante natural en su puesto. Actualmente no va a ser el capitán en la selección de Diego Armando Maradona. El capitán será Javier Mascherano.