Debutó en Estudiantes de La Plata. Su puesto es de volante organizador, como doble 5 teniendo al lado a un jugador de marca. Se caracteriza por su pegada, su visión de juego, y su técnica. El año de su debut en primera su equipo descendió al Nacional B. La Brujita formó parte de un equipo que logró el campeonato Nacional B 94/95 con holgura. De vuelta en la máxima categoría y con unos pocos partidos jugados fue transferido a Boca Juniors por más de 3 millones de dólares.
Tras su paso por Boca Juniors, Verón ficha por la Sampdoria. En 1998 fue traspasado al Parma F.C. formando uno de los mejores equipos de los años noventa alineando a jugadores de la talla de Fabio Cannavaro, Lilian Thuram, Hernán Crespo, Enrico Chiesa y Gianluigi Buffon donde ganó la Copa Italia y la Copa UEFA en 1999 escribiendo una de las mejores etapas de la historia del club parmesano. Trás esta gloriosa temporada Verón termina por recalar en la Lazio de Sven-Göran Eriksson en el verano de 1999, donde ganó un Scudetto, una Copa Italia y una Súper Copa Italiana en la temporada 1999-00.
En 2001 es comprado por el Manchester United FC de Inglaterra por la cantidad de 42,5 millones de euros, la transferencia más alta en la historia del fútbol inglés al momento. Tras un buen comienzo, empezó a decaer. En ese entonces tuvo su poco gravitante paso en el mundial 2002, al cual iba como figura de uno de los grandes candidatos. A partir de entonces, buena parte de la afición argentina lo tomó como responsable principal de la pronta eliminación del equipo. A pesar de todo, logró ganar la Liga en la temporada 2002-03. En verano de 2003 es traspasado al Chelsea a cambio de 22,5 millones de euros. La sensible baja en la cotización del jugador, tras sólo dos años de la transferencia sin precedentes al Manchester United FC. En el club londinense disputa siete partidos de liga, debido a una lesión, en los que anota 1 gol. Los pocos partidos que disputó y el no haberse destacado en casi ninguno, convirtió a esta compra en una de las más criticadas del club y ayudó a que Claudio Ranieri, su técnico de entonces, tuviese que irse del Chelsea.
En 2004 fue cedido en préstamo al Inter de Milán de Italia (club donde "la brujita" es ídolo), donde jugó hasta finalizar la temporada 2005-06, ganando la Copa Italia en dos oportunidades y dos ligas (una de las cuales ganó porque le quitaron el trofeo a Juventus, y nombraron al Inter campeón).
A partir de ese momento, vuelve al club que lo vio nacer, Estudiantes de La Plata, equipo que gana a su clásico rival Gimnasia y Esgrima La Plata 7:0, y logró el título del Torneo Apertura 2006-07, luego de una definición contra Boca Juniors. El partido, jugado en el estadio de Vélez Sársfield finalizó 2:1 (José Ernesto Sosa y Mariano Pavone para Estudiantes y Martín Palermo para Boca Juniors).
A comienzos del año 2008, fue sondeado por el equipo D.C. United de los Estados Unidos de América para sumarse al plantel, pero Verón desestimó la propuesta para continuar en Estudiantes de La Plata, rechazando millones de dolares. También hubo sondeos de River, Boca y hasta se habló de un interés del Inter de Milán.
En la actualidad, Juan Sebastián Verón sigue siendo el capitán de su equipo Estudiantes de La Plata, club que llegó a los octavos de final de la Copa Santander Libertadores de América 2008 y a la final de la Copa Nissan Sudamericana 2008, en la cual perdieron por marcador global de 2-1 frente a Internacional de Portoalegre.
La tradicional encuesta del diario El País, consagró como Futbolista del año en Sudamérica a Juan Sebastián Verón, que con Estudiantes cumplió buenas campañas en torneos locales y llegó a la final de la Copa Sudamericana.[2]

Selección nacional [editar]
Por la Selección jugó los Mundiales de 1998 y 2002.
El 27 de febrero de 2007, el seleccionador Alfio Basile lo convoca para entrenar con la selección Argentina en el predio de Ezeiza, tras una ausencia de más de tres años.
Vuelve a las competencias oficiales con la casaca nacional en la Copa América 2007, el día 28 de junio de 2007, en el partido en que la Argentina le ganó a Estados Unidos por 4:1.
Tras perder la final de la Copa América 2007 contra Brasil, ha sido convocado por Alfio Basile para las Eliminatorias al mundial Sudáfrica 2010.